More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5282 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  605  9.999999999999999e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 307 aa  192  7e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  37.46 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  35.18 
 
 		 316 aa  183  3e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 315 aa  182  9.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  34.23 
 
 		 309 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 310 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  33.55 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 318 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 329 aa  173  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 329 aa  173  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 314 aa  170  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 336 aa  168  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 318 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 330 aa  166  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 309 aa  166  5e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 321 aa  165  6.9999999999999995e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 297 aa  165  8e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 323 aa  165  8e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 320 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 323 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.86 
 
 		 299 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 333 aa  162  7e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  162  9e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.13 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 317 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6204  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 326 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 333 aa  159  6e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  32.57 
 
 		 327 aa  159  7e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 300 aa  159  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 329 aa  157  2e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 432 aa  156  4e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 323 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  34.2 
 
 		 323 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  33.22 
 
 		 321 aa  155  6e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 323 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 332 aa  155  7e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 314 aa  155  9e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0997  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.940452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 313 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 313 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 313 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 314 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1527  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 313 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 308 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 313 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 316 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 313 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 314 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 313 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 308 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  33.01 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 333 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2008  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0820401  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  36.79 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.54 
 
 		 309 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 326 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  33.01 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>