More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3902 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  593  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  593  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  78.45 
 
 		 297 aa  474  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  81.75 
 
 		 297 aa  471  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  81.4 
 
 		 297 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  81.4 
 
 		 297 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  81.4 
 
 		 297 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  79.65 
 
 		 297 aa  461  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  80 
 
 		 297 aa  462  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  78.25 
 
 		 297 aa  454  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  75.44 
 
 		 297 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  75.44 
 
 		 297 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  75.44 
 
 		 297 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  75.44 
 
 		 297 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  75.44 
 
 		 297 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  75.09 
 
 		 297 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  75.44 
 
 		 297 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  73.65 
 
 		 298 aa  444  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  73.74 
 
 		 298 aa  437  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  71.62 
 
 		 298 aa  408  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  72.28 
 
 		 298 aa  409  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  73.65 
 
 		 297 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  70.71 
 
 		 297 aa  400  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  59.06 
 
 		 299 aa  341  8e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4711  LysR family transcriptional regulator  53.31 
 
 		 292 aa  283  2.0000000000000002e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 312 aa  250  2e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 297 aa  244  1.9999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  47.28 
 
 		 321 aa  228  8e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 315 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.93 
 
 		 300 aa  198  7e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 318 aa  188  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  38.61 
 
 		 321 aa  186  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 318 aa  182  6e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.91 
 
 		 300 aa  182  7e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  34.31 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 432 aa  181  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 336 aa  179  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  35.15 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  33.66 
 
 		 316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 310 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 308 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 311 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 308 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  37.07 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 331 aa  179  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  34.81 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 307 aa  175  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 314 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 314 aa  170  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 332 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 329 aa  170  3e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 329 aa  169  4e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 299 aa  169  7e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 307 aa  169  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.88 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 317 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  32.25 
 
 		 314 aa  166  5.9999999999999996e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 315 aa  165  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 300 aa  165  8e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  36.27 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 333 aa  163  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.4 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 307 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 307 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 307 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 307 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 307 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2248  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 316 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>