More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0144 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  100 
 
 		 321 aa  630  1e-179  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 297 aa  251  8.000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 312 aa  246  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 298 aa  245  6.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  47.12 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.2 
 
 		 299 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 297 aa  237  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  46.86 
 
 		 297 aa  228  7e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  46.57 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  46.57 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  46.57 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  46.57 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  49.31 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 297 aa  226  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 297 aa  226  6e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  46.35 
 
 		 297 aa  225  9e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  46.35 
 
 		 297 aa  225  9e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 297 aa  222  6e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 297 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  44.77 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  48.54 
 
 		 297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 315 aa  206  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4711  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 292 aa  199  6e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  38.67 
 
 		 309 aa  193  4e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 307 aa  186  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.25 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 307 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 333 aa  181  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 329 aa  178  9e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 329 aa  178  1e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  34.12 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 322 aa  177  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 311 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  38.61 
 
 		 323 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  34.6 
 
 		 314 aa  172  5e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  36.84 
 
 		 347 aa  170  3e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.24 
 
 		 309 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 308 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  169  5e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 307 aa  169  7e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 345 aa  169  8e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 301 aa  169  9e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 320 aa  169  9e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 320 aa  169  9e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 306 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 321 aa  168  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  31.94 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.37 
 
 		 300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 326 aa  166  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  35.43 
 
 		 321 aa  166  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  39.8 
 
 		 304 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 342 aa  166  5.9999999999999996e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 336 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>