More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3640 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  605  9.999999999999999e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5245  LysR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 303 aa  343  2e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.204558 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  55.85 
 
 		 302 aa  332  3e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  56.86 
 
 		 302 aa  332  5e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  56.29 
 
 		 302 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  56.19 
 
 		 309 aa  329  4e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4324  LysR family transcriptional regulator  57.1 
 
 		 309 aa  322  5e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122962  normal  0.0785819 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  53.87 
 
 		 328 aa  315  4e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 308 aa  310  1e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  53.14 
 
 		 306 aa  297  1e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 300 aa  271  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 311 aa  267  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  46.92 
 
 		 304 aa  260  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  46.23 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0138  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 311 aa  242  7e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.080069 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4140  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4260  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  36.27 
 
 		 309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 312 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  39.27 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  34.39 
 
 		 316 aa  167  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  35.25 
 
 		 319 aa  166  5e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 319 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 321 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  37.33 
 
 		 321 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  38.31 
 
 		 304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 304 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  34.33 
 
 		 304 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 301 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 298 aa  162  8.000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  33.67 
 
 		 321 aa  162  9e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 305 aa  162  9e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 301 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 345 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 305 aa  162  9e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.92 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  37.97 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.86 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 310 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 295 aa  159  7e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 311 aa  159  8e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 300 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  33.12 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 314 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 306 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 309 aa  156  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 314 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 310 aa  155  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 314 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 310 aa  155  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0800  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.914712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.08 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.77 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 394 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1979  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0276851 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 309 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1955  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2074  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 507 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.834558  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1314  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0202314 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6123  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.406924  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 309 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 313 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  31.16 
 
 		 309 aa  152  7e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 310 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>