More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2824 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  597  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  84.77 
 
 		 309 aa  484  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  84.44 
 
 		 302 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  84.44 
 
 		 302 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4324  LysR family transcriptional regulator  70.43 
 
 		 309 aa  404  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122962  normal  0.0785819 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  62.58 
 
 		 306 aa  377  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5245  LysR family transcriptional regulator  62.21 
 
 		 303 aa  341  9e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.204558 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  55.85 
 
 		 301 aa  335  5.999999999999999e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  52.82 
 
 		 308 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 328 aa  297  1e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 311 aa  260  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 300 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  45.61 
 
 		 304 aa  253  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  44.93 
 
 		 304 aa  249  5e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0138  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 311 aa  228  9e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.080069 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4260  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 308 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4140  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  37.95 
 
 		 309 aa  192  7e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 319 aa  176  4e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  36.3 
 
 		 319 aa  176  4e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 304 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 312 aa  173  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 304 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  34.69 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.23 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  35.67 
 
 		 310 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  167  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.78 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.02 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.05 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 314 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 299 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  37.04 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  37.04 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  38.33 
 
 		 321 aa  162  7e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2441  hypothetical protein  33.33 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 312 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 315 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 306 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 316 aa  159  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 317 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 311 aa  159  7e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 432 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 306 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 309 aa  156  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 331 aa  155  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  155  6e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 320 aa  155  7e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 318 aa  153  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 300 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 309 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 309 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 306 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 309 aa  152  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>