More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3423 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  651    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 316 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  37.75 
 
 		 312 aa  179  8e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.46 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4276  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 312 aa  162  5.0000000000000005e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 337 aa  159  5e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  32.71 
 
 		 318 aa  149  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33.22 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 316 aa  146  5e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 308 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 327 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 321 aa  145  1e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 313 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  34.77 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  34.77 
 
 		 304 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3118  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.23 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0693  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 302 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 320 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 309 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 306 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 309 aa  135  8e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 313 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  30.65 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 432 aa  133  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 326 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0503  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 309 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.379788  hitchhiker  0.000831033 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 311 aa  132  9e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 302 aa  132  9e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3550  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 325 aa  131  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 345 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  33.66 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 298 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3057  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.061728 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  33.66 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 333 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  29.74 
 
 		 299 aa  126  6e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 316 aa  125  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 309 aa  125  9e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.9 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4324  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122962  normal  0.0785819 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  32.76 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  32.2 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 305 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 304 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 301 aa  122  9e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.35 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 320 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  29.02 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>