More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1227 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  606  9.999999999999999e-173  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  37.71 
 
 		 312 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 333 aa  219  3.9999999999999997e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.33 
 
 		 334 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 302 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0846  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  38.74 
 
 		 308 aa  205  8e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 315 aa  205  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 311 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3057  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 303 aa  195  9e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.061728 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 308 aa  192  5e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  37.12 
 
 		 318 aa  188  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5035  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.776496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5026  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 327 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 323 aa  162  7e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 333 aa  162  8.000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 321 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 337 aa  161  1e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  34.41 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.23 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  31.41 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 320 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 432 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 315 aa  152  8e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 314 aa  149  5e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0693  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 310 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 304 aa  146  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 316 aa  145  8.000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 319 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  31.48 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  35.1 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 304 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3550  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 325 aa  143  4e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 315 aa  142  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 301 aa  142  7e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 301 aa  142  9e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  27.88 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 308 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 316 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 307 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 309 aa  139  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 317 aa  139  6e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 312 aa  139  7e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 322 aa  139  7e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  30.85 
 
 		 309 aa  139  7e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 308 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 336 aa  139  7.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.56 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 326 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.18 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  32.78 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.47 
 
 		 309 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  28.39 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 318 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  31.6 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  31.38 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 316 aa  134  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 314 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  31.91 
 
 		 347 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 312 aa  132  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 320 aa  132  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  29.26 
 
 		 309 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 308 aa  132  6e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 310 aa  132  6e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>