More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4024 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  628  1e-179  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  77.92 
 
 		 308 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 304 aa  429  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  67.53 
 
 		 319 aa  431  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  68.11 
 
 		 311 aa  423  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 308 aa  411  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  63.84 
 
 		 315 aa  408  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5026  transcriptional regulator, LysR family  65.58 
 
 		 327 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5035  transcriptional regulator, LysR family  67.44 
 
 		 310 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.776496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 299 aa  265  1e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  42.47 
 
 		 312 aa  252  7e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 333 aa  232  6e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 303 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.03 
 
 		 334 aa  216  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 309 aa  215  7e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 302 aa  205  8e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3057  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.061728 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0846  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2387  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  32.46 
 
 		 318 aa  157  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 307 aa  155  8e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 345 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4276  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 309 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0693  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  34.12 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 319 aa  139  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  30.64 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 309 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  30.67 
 
 		 315 aa  136  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 326 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 307 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.1 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 312 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 316 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 320 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 306 aa  135  8e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 306 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  32.09 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.45 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 308 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.76 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 309 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3550  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 325 aa  134  3e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  29.26 
 
 		 314 aa  133  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 311 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  31.58 
 
 		 311 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 304 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 321 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 355 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 355 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 309 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 301 aa  132  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6123  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 309 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.406924  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 308 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>