More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4276 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4276  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  630  1e-180  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 316 aa  191  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 319 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 302 aa  152  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 308 aa  149  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 315 aa  149  6e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 333 aa  145  7.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  32.9 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  30.52 
 
 		 315 aa  142  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 307 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0693  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 300 aa  142  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 337 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 311 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 311 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 310 aa  139  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  31.72 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.97 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 345 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 315 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  32.46 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  32.46 
 
 		 341 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  32.46 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  32.46 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  30.49 
 
 		 318 aa  135  8e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  30.49 
 
 		 318 aa  135  8e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  30.49 
 
 		 322 aa  135  8e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 310 aa  135  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 		 307 aa  134  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  32.13 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  30.25 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 333 aa  133  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 301 aa  132  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 314 aa  132  6.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 304 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 313 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 313 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 313 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1527  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 313 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 313 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 315 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.13 
 
 		 334 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0999  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.913515  normal  0.929233 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2387  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  31.15 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  31.91 
 
 		 324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  29.93 
 
 		 319 aa  129  6e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  29.18 
 
 		 319 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  32.34 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  32.34 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  32.34 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  28.33 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  32.34 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  32.34 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  32.34 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.16 
 
 		 304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 331 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4711  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 302 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  26.62 
 
 		 300 aa  125  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 297 aa  126  6e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.25 
 
 		 309 aa  125  7e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>