More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2749 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  100 
 
 		 324 aa  674    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  65.91 
 
 		 319 aa  441  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  64.84 
 
 		 319 aa  438  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  66.23 
 
 		 321 aa  435  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  50.16 
 
 		 322 aa  315  7e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  50.16 
 
 		 318 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  50.16 
 
 		 318 aa  313  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  52.03 
 
 		 314 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  52.03 
 
 		 314 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  52.03 
 
 		 314 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  52.03 
 
 		 314 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  52.03 
 
 		 314 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  52.03 
 
 		 314 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  52.03 
 
 		 314 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  52.03 
 
 		 314 aa  305  7e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  51.19 
 
 		 314 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  51.19 
 
 		 341 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  51.19 
 
 		 314 aa  299  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  51.19 
 
 		 314 aa  299  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  51.19 
 
 		 314 aa  299  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  50.17 
 
 		 314 aa  295  9e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  49.83 
 
 		 315 aa  291  1e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0069  leucine transcriptional activator  51.69 
 
 		 314 aa  290  2e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3033  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 312 aa  185  9e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 308 aa  170  4e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  29.45 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  32.44 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 355 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 355 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 355 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 355 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  30.72 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 345 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 355 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 342 aa  145  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 308 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 308 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 311 aa  144  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 307 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  29.63 
 
 		 309 aa  142  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 318 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 321 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  29.25 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 432 aa  136  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  27.42 
 
 		 308 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 331 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  31.65 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1282  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.526163  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1460  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 313 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 311 aa  132  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1430  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 313 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 308 aa  132  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 316 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1607  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 323 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  31.03 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  28.25 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0999  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.913515  normal  0.929233 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  28.08 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  29.29 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2924  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2903  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 320 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0561  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 281 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 334 aa  129  8.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 316 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 310 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  26.2 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1424  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  26.17 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3183  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  28.76 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3392  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 281 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0913399 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>