More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3434 on replicon NC_009427
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 333 aa  674    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 308 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 301 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  42.3 
 
 		 312 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 308 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 299 aa  226  3e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 309 aa  223  4e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 319 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 302 aa  219  5e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 304 aa  219  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 308 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.12 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 315 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0846  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 302 aa  206  5e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5026  transcriptional regulator, LysR family  38.76 
 
 		 327 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5035  transcriptional regulator, LysR family  38.59 
 
 		 310 aa  192  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.776496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3057  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.061728 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  37.25 
 
 		 318 aa  170  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4276  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 316 aa  142  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2387  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 319 aa  142  6e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33.78 
 
 		 319 aa  142  7e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 312 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  31.27 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.83 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 305 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  29.57 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 321 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 313 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 326 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  32.9 
 
 		 307 aa  134  3e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  34.26 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 355 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 355 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 355 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 355 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 355 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 336 aa  132  6e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 312 aa  132  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  28.25 
 
 		 300 aa  132  9e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0693  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 310 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 297 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 333 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 298 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 313 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  35.02 
 
 		 304 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 297 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 315 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 313 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 313 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1527  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 313 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  34.47 
 
 		 298 aa  127  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  34.68 
 
 		 304 aa  126  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 313 aa  125  9e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  124  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  29.7 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 313 aa  123  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.9 
 
 		 316 aa  123  5e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 303 aa  122  7e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 314 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 324 aa  122  8e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>