More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_7723 on replicon NC_010627
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  66.12 
 
 		 308 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  65.77 
 
 		 308 aa  404  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  65.02 
 
 		 319 aa  403  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  64.78 
 
 		 311 aa  402  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  64.77 
 
 		 315 aa  394  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  62.08 
 
 		 308 aa  390  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5026  transcriptional regulator, LysR family  65.1 
 
 		 327 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5035  transcriptional regulator, LysR family  64.36 
 
 		 310 aa  381  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.776496  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  44.52 
 
 		 312 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 299 aa  231  9e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.13 
 
 		 334 aa  222  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 333 aa  219  3.9999999999999997e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 301 aa  195  8.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0846  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3057  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.061728 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 316 aa  159  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0693  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 300 aa  153  4e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 345 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  33.77 
 
 		 318 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2387  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  145  9e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.97 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 309 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 308 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 307 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 308 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 308 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 337 aa  135  9.999999999999999e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 307 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 326 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 314 aa  134  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.55 
 
 		 310 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  32.01 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.76 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 315 aa  132  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.76 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 327 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.54 
 
 		 330 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 304 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  31.92 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  30.25 
 
 		 326 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  29.47 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  28.25 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1751  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4326  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 334 aa  130  3e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  31.17 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>