More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3695 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
326 aa  650    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  99.02 
 
 
307 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  81.54 
 
 
299 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  66.44 
 
 
298 aa  403  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 
302 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  65.76 
 
 
302 aa  381  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  39.22 
 
 
302 aa  181  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 
310 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
315 aa  169  6e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 
319 aa  169  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
310 aa  169  7e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  34.3 
 
 
314 aa  168  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  31.61 
 
 
316 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  33.55 
 
 
314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
310 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
329 aa  166  5.9999999999999996e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
297 aa  165  9e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
329 aa  165  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 
323 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  34.33 
 
 
310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 
298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
308 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  36.82 
 
 
304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.07 
 
 
300 aa  162  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
308 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
314 aa  162  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 
309 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
322 aa  161  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
311 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  36.9 
 
 
301 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 
316 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 
317 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
336 aa  159  5e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
308 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
308 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 
310 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
315 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 
314 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
312 aa  158  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
334 aa  157  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  36.82 
 
 
304 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 
309 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
432 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  33.67 
 
 
300 aa  155  9e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
306 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
298 aa  154  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3454  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 
331 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
305 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
314 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 
342 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2908  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
311 aa  153  4e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 
310 aa  153  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 
307 aa  152  5e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
314 aa  152  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  36.95 
 
 
304 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.88 
 
 
300 aa  152  8e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3640  LysR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
327 aa  152  8e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.525425  normal  0.47067 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
320 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
320 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 
316 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
345 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
300 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
300 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
301 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
316 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
305 aa  150  3e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
308 aa  150  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  37.05 
 
 
297 aa  150  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 
301 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 
300 aa  149  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 
324 aa  149  7e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  38.51 
 
 
298 aa  149  9e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  35.76 
 
 
311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0885  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
317 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  33.67 
 
 
309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
355 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.67 
 
 
309 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
355 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
355 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
329 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
306 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 
297 aa  146  5e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2547  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 
334 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
301 aa  146  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
301 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5736  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
308 aa  146  6e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401426  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
306 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
297 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 
310 aa  145  8.000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 
333 aa  145  9e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>