More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0866 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  618  1e-176  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 308 aa  269  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  42.42 
 
 		 312 aa  265  7e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 		 308 aa  265  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 311 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 309 aa  233  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 304 aa  231  9e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 333 aa  226  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 319 aa  219  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 315 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3057  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 303 aa  215  9e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.061728 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.55 
 
 		 334 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5035  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.776496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5026  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 327 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0846  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  36.42 
 
 		 318 aa  172  5.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 316 aa  172  9e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0693  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 300 aa  159  6e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 321 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 319 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33.45 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.09 
 
 		 330 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 316 aa  149  6e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 299 aa  148  9e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 305 aa  148  9e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 305 aa  148  9e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  29.02 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4276  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 315 aa  142  6e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 326 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 307 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 307 aa  142  7e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  28.34 
 
 		 321 aa  142  8e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 320 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 320 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 345 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2387  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 321 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 309 aa  139  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  28.76 
 
 		 302 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 320 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 304 aa  138  8.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.01 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  30.25 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1527  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  27.42 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  28.12 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 310 aa  136  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 312 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 306 aa  135  8e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 329 aa  135  8e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  29.73 
 
 		 308 aa  135  9e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 329 aa  135  9e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 301 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 301 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 432 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.17 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 333 aa  133  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  27.85 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 314 aa  133  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 301 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 331 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 313 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 301 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 314 aa  132  7.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>