More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1535 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  600  1e-170  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 333 aa  244  9.999999999999999e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0846  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 319 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 311 aa  212  7e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 308 aa  209  5e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 315 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 299 aa  207  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 303 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 309 aa  204  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 308 aa  202  5e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  38.18 
 
 		 312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 304 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5035  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.776496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5026  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 327 aa  192  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.58 
 
 		 334 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3057  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.061728 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  34.33 
 
 		 318 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2387  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  145  9e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 307 aa  142  9e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 337 aa  141  9.999999999999999e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  30.9 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  32.64 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 313 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  32.75 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.67 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 305 aa  132  7.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4276  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 309 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0693  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 301 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.43 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 314 aa  126  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 301 aa  125  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 310 aa  125  7e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 319 aa  125  9e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 301 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 314 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 319 aa  122  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 315 aa  122  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  27.97 
 
 		 314 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  27.33 
 
 		 316 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 345 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 315 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 307 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2467  hypothetical protein  28.57 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 314 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 304 aa  119  7.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 301 aa  119  9e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2325  hypothetical protein  29.15 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 321 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 432 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 313 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 332 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  28.87 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  29.21 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  24.92 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  30.31 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 328 aa  116  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 313 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>