More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2520 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  40.33 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 326 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 310 aa  188  9e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  35.22 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 307 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 313 aa  182  7e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 320 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 320 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 345 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 314 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.55 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 310 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.44 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 301 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3454  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 331 aa  165  9e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 324 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 315 aa  163  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  31.35 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  33.44 
 
 		 314 aa  159  5e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  33.67 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33.99 
 
 		 319 aa  157  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.78 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  156  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.89 
 
 		 330 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 331 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 315 aa  156  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 319 aa  155  6e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 329 aa  153  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 329 aa  153  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2908  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 311 aa  152  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0885  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 326 aa  152  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3640  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 327 aa  152  8e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.525425  normal  0.47067 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3321  helix-turn-helix, Fis-type  29.79 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.270973 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 333 aa  149  4e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 315 aa  149  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 314 aa  150  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  34.88 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.11 
 
 		 334 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 318 aa  149  7e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  31.63 
 
 		 314 aa  149  8e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 306 aa  148  9e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 432 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1385  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 311 aa  146  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 322 aa  147  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 314 aa  146  5e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 318 aa  146  5e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 316 aa  146  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 310 aa  146  5e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 314 aa  145  6e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 342 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  31.65 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  30.34 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 319 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  30 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 336 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>