More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4833 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  632  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 302 aa  314  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 309 aa  307  1.0000000000000001e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  48.06 
 
 		 318 aa  285  5e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 299 aa  269  5e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3057  LysR family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 303 aa  269  5e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.061728 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  46.31 
 
 		 312 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 333 aa  249  4e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 303 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 311 aa  228  9e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  38.74 
 
 		 315 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.2 
 
 		 334 aa  212  7.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 319 aa  211  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 308 aa  208  9e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0846  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 303 aa  208  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5035  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.776496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5026  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 327 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 326 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 337 aa  158  1e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 329 aa  157  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 329 aa  157  3e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 323 aa  152  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 323 aa  152  8e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 307 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 333 aa  150  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 307 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 307 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 307 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  34.36 
 
 		 319 aa  150  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 307 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 307 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  34.19 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  31.65 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 315 aa  145  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 320 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 319 aa  145  6e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 320 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 345 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.79 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 307 aa  142  7e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  30.59 
 
 		 306 aa  142  9e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 432 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 321 aa  140  3e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  32.53 
 
 		 302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  29.77 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 318 aa  139  6e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 308 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 342 aa  139  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 319 aa  139  7e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 329 aa  139  7.999999999999999e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 312 aa  138  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  31.58 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  31.74 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 315 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 326 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>