More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2305 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  638    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4276  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  39.47 
 
 		 312 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.22 
 
 		 334 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 299 aa  172  9e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 337 aa  166  4e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 315 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0693  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  33.97 
 
 		 321 aa  161  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  34.3 
 
 		 319 aa  160  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 319 aa  159  5e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 328 aa  159  5e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 309 aa  159  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 304 aa  159  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 316 aa  159  6e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 302 aa  159  8e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  34.08 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.95 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 306 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 314 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 304 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 304 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 307 aa  156  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  34.97 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 309 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 297 aa  155  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  35.95 
 
 		 304 aa  155  8e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 317 aa  155  9e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  34.54 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  32.6 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  34.64 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 432 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  35.14 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 303 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 320 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 302 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5245  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.204558 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  30.94 
 
 		 319 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  35.46 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 308 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 309 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  37.63 
 
 		 321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  30.62 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  30.94 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 314 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 329 aa  147  3e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 318 aa  145  8.000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  35.62 
 
 		 304 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  145  9e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  35.62 
 
 		 304 aa  145  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.65 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3118  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 310 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0846  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  33.44 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  30.62 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  33.01 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  30.99 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 329 aa  144  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 312 aa  143  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>