More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2045 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  588  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  75.42 
 
 		 297 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  71.96 
 
 		 298 aa  422  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  71.23 
 
 		 297 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  71.23 
 
 		 297 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  71.23 
 
 		 297 aa  411  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  71.23 
 
 		 297 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  71.58 
 
 		 297 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  69.7 
 
 		 298 aa  411  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  71.23 
 
 		 297 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  71.02 
 
 		 297 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  71.23 
 
 		 297 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  70.53 
 
 		 297 aa  401  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  70.18 
 
 		 297 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  70.88 
 
 		 297 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  70.18 
 
 		 297 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  69.82 
 
 		 297 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  70.18 
 
 		 297 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  70.4 
 
 		 297 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  70.4 
 
 		 297 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  69.82 
 
 		 298 aa  395  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  68.92 
 
 		 298 aa  377  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  71.12 
 
 		 297 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  58.11 
 
 		 299 aa  333  3e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4711  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 292 aa  313  2.9999999999999996e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 297 aa  263  2e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 		 312 aa  251  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  47.42 
 
 		 321 aa  230  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 315 aa  223  4e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.74 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 308 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 318 aa  188  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  36.39 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 314 aa  185  6e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  33.98 
 
 		 316 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 304 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  39.53 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  39.32 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  35.28 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 318 aa  181  2e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  39.59 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 333 aa  179  4.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.05 
 
 		 309 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 309 aa  178  8e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 313 aa  178  9e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 304 aa  177  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 331 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 432 aa  176  6e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 304 aa  175  9e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 315 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  37.75 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.83 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.21 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 304 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  37.42 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  35.74 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 334 aa  172  6.999999999999999e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 329 aa  171  1e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 329 aa  171  1e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 336 aa  171  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 314 aa  169  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  37.54 
 
 		 321 aa  169  7e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 313 aa  168  8e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2248  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 326 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  32.9 
 
 		 314 aa  166  5e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1584  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 324 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.275662 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 309 aa  165  8e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2460  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 324 aa  165  9e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 310 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>