More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2460 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2460  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  643    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  70.82 
 
 		 320 aa  436  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  59.87 
 
 		 304 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 304 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  59.87 
 
 		 304 aa  358  5e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  59.87 
 
 		 304 aa  358  7e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  60.53 
 
 		 304 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  59.87 
 
 		 304 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  59.87 
 
 		 304 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  59.54 
 
 		 304 aa  347  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  59.54 
 
 		 304 aa  347  1e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  54.07 
 
 		 307 aa  321  9.000000000000001e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  55.81 
 
 		 301 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3102  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.58 
 
 		 309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0451779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 300 aa  319  5e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 300 aa  318  7e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  54.95 
 
 		 300 aa  317  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 301 aa  316  4e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33850  Transcriptional regulator MexT  60.69 
 
 		 314 aa  316  4e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.5603  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3265  transcriptional regulator, LysR family  52.68 
 
 		 309 aa  315  7e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2183  LysR family transcriptional regulator  59.31 
 
 		 304 aa  306  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.573437  normal  0.0364497 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1383  LysR family transcriptional regulator  54.18 
 
 		 308 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3669  LysR family transcriptional regulator  52.51 
 
 		 322 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.654811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2074  LysR family transcriptional regulator  52.51 
 
 		 307 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.572241 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1584  LysR family transcriptional regulator  52.51 
 
 		 324 aa  288  7e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.275662 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  44.25 
 
 		 300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 321 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 320 aa  165  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 432 aa  162  6e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 345 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.31 
 
 		 299 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 306 aa  159  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 316 aa  158  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  37.14 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  30.95 
 
 		 319 aa  153  4e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 319 aa  152  5e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0619  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.56904  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  33.78 
 
 		 304 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  33.78 
 
 		 304 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 316 aa  152  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 297 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 310 aa  150  4e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 315 aa  149  9e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 306 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  36.27 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  37.96 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  33.11 
 
 		 321 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 313 aa  146  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.54 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 297 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 297 aa  145  9e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 312 aa  144  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 321 aa  143  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 308 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.72 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 307 aa  142  6e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 322 aa  142  6e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 312 aa  142  9e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3789  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  34.07 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  34.07 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>