More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2183 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2183  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  608  1e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.573437  normal  0.0364497 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  85.86 
 
 		 304 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  85.86 
 
 		 304 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  86.18 
 
 		 304 aa  531  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  85.86 
 
 		 304 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  85.86 
 
 		 304 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  83.88 
 
 		 304 aa  524  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  83.55 
 
 		 304 aa  522  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  84.87 
 
 		 304 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  84.54 
 
 		 304 aa  503  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33850  Transcriptional regulator MexT  86.21 
 
 		 314 aa  477  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.5603  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  65.32 
 
 		 307 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  67.01 
 
 		 300 aa  397  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  62.96 
 
 		 301 aa  384  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  62.46 
 
 		 301 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  62.96 
 
 		 300 aa  384  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  62.63 
 
 		 300 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  59.34 
 
 		 320 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3102  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  58 
 
 		 309 aa  350  1e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0451779  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3265  transcriptional regulator, LysR family  57.33 
 
 		 309 aa  347  2e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1383  LysR family transcriptional regulator  58 
 
 		 308 aa  346  3e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2460  LysR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 324 aa  342  5e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1584  LysR family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 324 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.275662 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3669  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 322 aa  322  5e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.654811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2074  LysR family transcriptional regulator  55.18 
 
 		 307 aa  321  8e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.572241 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 300 aa  282  4.0000000000000003e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 432 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.58 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 316 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 317 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3789  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  34.45 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 345 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 312 aa  172  5.999999999999999e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0619  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.56904  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 302 aa  172  5.999999999999999e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  34.53 
 
 		 319 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 321 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 306 aa  171  9e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 320 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2681  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 306 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  33.88 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  37.29 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  36.27 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1026  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 311 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0219  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0703  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497833  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  36.95 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0670  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.155019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 301 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 309 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 329 aa  165  6.9999999999999995e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 314 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  37.66 
 
 		 298 aa  165  8e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 329 aa  165  8e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 302 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  40.43 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.3 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  31.58 
 
 		 316 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 302 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 312 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.29 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 310 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 313 aa  159  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.44 
 
 		 309 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  33 
 
 		 310 aa  158  8e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  32.23 
 
 		 309 aa  158  8e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  33.67 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>