More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2307 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  94.7 
 
 		 309 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  93.38 
 
 		 302 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  84.44 
 
 		 302 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4324  LysR family transcriptional regulator  72.09 
 
 		 309 aa  405  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122962  normal  0.0785819 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  63.58 
 
 		 306 aa  373  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5245  LysR family transcriptional regulator  62.88 
 
 		 303 aa  337  9.999999999999999e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.204558 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  56.86 
 
 		 301 aa  334  1e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  53.49 
 
 		 308 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 328 aa  302  5.000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 300 aa  270  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 311 aa  264  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  46.82 
 
 		 304 aa  259  6e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  46.15 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0138  LysR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.080069 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4260  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 308 aa  209  6e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4140  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 305 aa  209  6e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  36.96 
 
 		 309 aa  186  3e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  39.03 
 
 		 310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 304 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.78 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 312 aa  170  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 304 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 304 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 316 aa  168  8e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  34.55 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 315 aa  166  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 307 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  33.44 
 
 		 310 aa  165  9e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  40.46 
 
 		 321 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 319 aa  163  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  35.15 
 
 		 319 aa  163  3e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 316 aa  163  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 310 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.03 
 
 		 304 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 304 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 298 aa  162  8.000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 321 aa  162  8.000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.9 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.26 
 
 		 299 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 309 aa  160  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 314 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2441  hypothetical protein  34.22 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 298 aa  158  8e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 331 aa  158  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 307 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 307 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 307 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 307 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 307 aa  157  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 307 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  32.3 
 
 		 309 aa  157  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 308 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  32.31 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  34.72 
 
 		 308 aa  156  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 314 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 301 aa  155  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  36.95 
 
 		 304 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  36.95 
 
 		 304 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 316 aa  155  9e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 310 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 312 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 316 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 432 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 309 aa  152  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>