More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3164 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  98.41 
 
 		 314 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  95.86 
 
 		 314 aa  607  1e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  90.76 
 
 		 314 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  40.85 
 
 		 309 aa  233  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  36.86 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  37.41 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 307 aa  175  9e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  32.35 
 
 		 327 aa  161  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 320 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 295 aa  159  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 323 aa  159  5e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 323 aa  159  7e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 333 aa  156  4e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 314 aa  156  5.0000000000000005e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 318 aa  155  7e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 323 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  34.24 
 
 		 326 aa  153  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 323 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 323 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.93 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  30.62 
 
 		 322 aa  151  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 319 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  37.55 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 330 aa  150  4e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 319 aa  149  5e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 306 aa  149  6e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  32.91 
 
 		 323 aa  149  6e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 323 aa  149  7e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 319 aa  149  8e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0790  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 321 aa  145  6e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 302 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 342 aa  142  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 332 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 308 aa  142  9e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  29.87 
 
 		 309 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 297 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.97 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 312 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 308 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 329 aa  140  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.53 
 
 		 316 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 329 aa  139  4.999999999999999e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 314 aa  139  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  29.64 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 313 aa  139  7e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 312 aa  139  7.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.29 
 
 		 299 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 322 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 329 aa  138  1e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 326 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  30.92 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.01 
 
 		 300 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 301 aa  138  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 310 aa  138  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  37.91 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 310 aa  136  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.42 
 
 		 300 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 318 aa  135  7.000000000000001e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.82 
 
 		 321 aa  135  7.000000000000001e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1325  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4063  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 310 aa  134  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.444174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 332 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>