More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_00357 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  670    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  92.01 
 
 		 313 aa  588  1e-167  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  76.68 
 
 		 327 aa  516  1.0000000000000001e-145  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  60.26 
 
 		 321 aa  377  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  47.17 
 
 		 327 aa  310  2e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 320 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 323 aa  300  2e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  46.5 
 
 		 323 aa  300  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 322 aa  297  2e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  46.5 
 
 		 318 aa  296  3e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  47.63 
 
 		 323 aa  291  9e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 330 aa  291  1e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 323 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 319 aa  288  6e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 319 aa  288  8e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 323 aa  288  8e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 319 aa  288  1e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  44.34 
 
 		 322 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  46.65 
 
 		 326 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 321 aa  281  7.000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 313 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 313 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  43.75 
 
 		 313 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 313 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 313 aa  265  7e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 311 aa  265  7e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 311 aa  263  3e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  44.08 
 
 		 311 aa  261  8e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  43.84 
 
 		 285 aa  256  4e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 310 aa  247  2e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 314 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 335 aa  238  8e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 306 aa  236  6e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 321 aa  203  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 243 aa  182  7e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  33.65 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  31.7 
 
 		 309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 306 aa  169  6e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 319 aa  165  8e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 319 aa  165  8e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.22 
 
 		 319 aa  165  8e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  33.22 
 
 		 319 aa  165  8e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.22 
 
 		 319 aa  165  8e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.22 
 
 		 319 aa  165  8e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.22 
 
 		 319 aa  165  8e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  31.37 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.22 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.88 
 
 		 319 aa  163  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 313 aa  164  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.11 
 
 		 319 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.11 
 
 		 319 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.11 
 
 		 319 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.11 
 
 		 319 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 315 aa  162  6e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 312 aa  162  8.000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  34.09 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.78 
 
 		 319 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  33.33 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 312 aa  158  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  31.41 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 311 aa  156  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 318 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 378 aa  156  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 314 aa  155  9e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 314 aa  155  9e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  31.09 
 
 		 314 aa  152  5e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  30.38 
 
 		 313 aa  152  7e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 321 aa  152  8.999999999999999e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 308 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 322 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 310 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.91 
 
 		 316 aa  151  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.23 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 308 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  29.58 
 
 		 321 aa  150  4e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  31.83 
 
 		 322 aa  149  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 342 aa  149  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 307 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  29.03 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>