More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A4129 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  100 
 
 		 319 aa  656    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  100 
 
 		 319 aa  656    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  100 
 
 		 319 aa  656    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  99.37 
 
 		 319 aa  652    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  100 
 
 		 319 aa  656    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  86.94 
 
 		 319 aa  542  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  86.31 
 
 		 319 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  85.99 
 
 		 319 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  86.31 
 
 		 319 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  86.31 
 
 		 319 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  86.31 
 
 		 319 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  86.31 
 
 		 319 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  86.31 
 
 		 319 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  86.31 
 
 		 319 aa  540  9.999999999999999e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4146  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  75.62 
 
 		 289 aa  460  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.690758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  64.56 
 
 		 321 aa  429  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  64.56 
 
 		 321 aa  428  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  59.94 
 
 		 322 aa  391  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06633  transcriptional regulator  58.45 
 
 		 212 aa  270  2e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  33.12 
 
 		 323 aa  175  8e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 320 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 327 aa  172  9e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 330 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 322 aa  170  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 318 aa  169  8e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3261  LysR family transcriptional regulator  56.39 
 
 		 140 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 323 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 313 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 323 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 311 aa  162  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 311 aa  161  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 311 aa  159  6e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 313 aa  159  8e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  31.96 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  33.97 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  31.68 
 
 		 327 aa  155  9e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 323 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 323 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 323 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.29 
 
 		 321 aa  149  5e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 319 aa  145  6e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 319 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  31.66 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 321 aa  143  4e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 335 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 306 aa  139  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  33.22 
 
 		 285 aa  139  8.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 243 aa  125  9e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 301 aa  119  7e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3459  LysR family transcriptional regulator  27.58 
 
 		 325 aa  109  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151094 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  28.26 
 
 		 347 aa  108  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 332 aa  106  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 322 aa  106  5e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 298 aa  106  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 305 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  28.62 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  28.13 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  28.35 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.57 
 
 		 328 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 310 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 317 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 313 aa  103  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  27.13 
 
 		 316 aa  103  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 333 aa  102  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 315 aa  102  9e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 304 aa  102  9e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  27.64 
 
 		 306 aa  102  9e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  27.07 
 
 		 319 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 324 aa  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  27.07 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  26.17 
 
 		 306 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 312 aa  100  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 318 aa  100  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  27.64 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 312 aa  100  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 301 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 302 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 314 aa  100  5e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>