More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3459 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3459  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  662    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151094 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0800  LysR family transcriptional regulator  69.68 
 
 		 326 aa  430  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.914712  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  58.49 
 
 		 327 aa  386  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  55.97 
 
 		 313 aa  375  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  55.77 
 
 		 310 aa  339  5e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 309 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 309 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 309 aa  281  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 309 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2074  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 507 aa  281  1e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.834558  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 309 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1314  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 309 aa  281  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0202314 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2525  LysR family regulatory protein  46.1 
 
 		 508 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.149922  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1979  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 309 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0276851 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6123  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 309 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.406924  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1955  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 309 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 310 aa  279  5e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 309 aa  278  7e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  45.45 
 
 		 310 aa  278  9e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  44.16 
 
 		 316 aa  265  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  44.72 
 
 		 312 aa  263  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 394 aa  262  6e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  43.51 
 
 		 315 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  43.51 
 
 		 315 aa  259  4e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 316 aa  257  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  43.61 
 
 		 325 aa  252  5.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1164  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 307 aa  246  4.9999999999999997e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0213908  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0790  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 313 aa  236  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3883  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 326 aa  235  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 326 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2419  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 342 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2032  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412764  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0034  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.47 
 
 		 315 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1416  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 315 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3150  LysR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 315 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3205  LysR family regulatory protein  43.18 
 
 		 315 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2716  LysR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 315 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3189  transcriptional regulator  43.18 
 
 		 315 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1894  LysR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 315 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.534737  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0882  LysR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 315 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.493693  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0715  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 315 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.829765  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2041  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 391 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000497451  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3437  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 390 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0826083  normal  0.0701512 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3943  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 388 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.399731  normal  0.68595 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3496  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 394 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000514249 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0732  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 315 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.635056  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4028  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 394 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4338  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 394 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3928  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 315 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.250342  normal  0.0702681 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0808  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0836  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 314 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0352  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 314 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139438  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2548  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 315 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.591994 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5286  transcriptional regulator LysR family  36.68 
 
 		 333 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.155705  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4558  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 386 aa  159  8e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.82117 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  32.29 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.22 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 319 aa  144  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.37 
 
 		 309 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 308 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  31.15 
 
 		 319 aa  143  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  33.65 
 
 		 304 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 329 aa  143  4e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 329 aa  143  5e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  30.75 
 
 		 309 aa  142  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 298 aa  142  9e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  34.28 
 
 		 321 aa  142  9e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 314 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  33.12 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 310 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.5 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 326 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 322 aa  137  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 317 aa  135  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 315 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.37 
 
 		 334 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 310 aa  135  8e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 301 aa  135  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  31.09 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 314 aa  135  8e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 311 aa  135  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 320 aa  135  9e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.65 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>