More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0715 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0715  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  634    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.829765  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0732  LysR family transcriptional regulator  99.37 
 
 		 315 aa  630  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.635056  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0808  LysR family transcriptional regulator  97.78 
 
 		 315 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3928  LysR family transcriptional regulator  96.83 
 
 		 315 aa  568  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.250342  normal  0.0702681 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0836  LysR family transcriptional regulator  97.12 
 
 		 314 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0352  LysR family transcriptional regulator  97.12 
 
 		 314 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139438  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2548  LysR family transcriptional regulator  95.87 
 
 		 315 aa  550  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.591994 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2032  LysR family transcriptional regulator  78.91 
 
 		 315 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412764  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3883  LysR family transcriptional regulator  76.21 
 
 		 326 aa  490  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  75.24 
 
 		 326 aa  484  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1416  LysR family transcriptional regulator  79.62 
 
 		 315 aa  482  1e-135  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2716  LysR family transcriptional regulator  79.23 
 
 		 315 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1894  LysR family transcriptional regulator  79.23 
 
 		 315 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.534737  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3205  LysR family regulatory protein  79.23 
 
 		 315 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3189  transcriptional regulator  79.23 
 
 		 315 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3150  LysR family transcriptional regulator  79.23 
 
 		 315 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0882  LysR family transcriptional regulator  79.23 
 
 		 315 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.493693  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2419  LysR family transcriptional regulator  74.51 
 
 		 342 aa  472  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 309 aa  322  7e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 309 aa  322  7e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 309 aa  322  8e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 309 aa  322  8e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  53.33 
 
 		 310 aa  321  9.000000000000001e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 310 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1955  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2074  LysR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 507 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.834558  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  53 
 
 		 309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1979  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0276851 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6123  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.406924  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1314  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0202314 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2525  LysR family regulatory protein  53.14 
 
 		 508 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.149922  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1164  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 307 aa  296  3e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0213908  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  47.65 
 
 		 315 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  48.32 
 
 		 316 aa  288  7e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  47.32 
 
 		 315 aa  288  8e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 316 aa  281  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 394 aa  280  3e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 312 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3943  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 388 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.399731  normal  0.68595 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3496  LysR family transcriptional regulator  47.7 
 
 		 394 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000514249 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3437  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 390 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0826083  normal  0.0701512 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2041  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 391 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000497451  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  43.05 
 
 		 325 aa  236  5.0000000000000005e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0034  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.37 
 
 		 315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4028  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 394 aa  228  9e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4338  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 394 aa  228  9e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0790  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 313 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3459  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 325 aa  216  4e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151094 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 313 aa  211  9e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0800  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 326 aa  210  2e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.914712  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 327 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 310 aa  199  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4558  LysR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 386 aa  198  9e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.82117 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5286  transcriptional regulator LysR family  36.63 
 
 		 333 aa  169  5e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.155705  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 308 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 309 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 316 aa  146  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 320 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 432 aa  143  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 327 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  34 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.2 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 309 aa  139  4.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  31.09 
 
 		 321 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.35 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>