More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1921 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  99.68 
 
 		 315 aa  645    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 315 aa  648    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  94.89 
 
 		 316 aa  622  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  82.69 
 
 		 394 aa  545  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  81.59 
 
 		 316 aa  542  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 309 aa  347  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 309 aa  347  1e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 309 aa  346  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 309 aa  346  2e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1314  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 309 aa  346  4e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0202314 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 309 aa  346  4e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2074  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 507 aa  345  4e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.834558  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1979  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 309 aa  345  5e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0276851 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1955  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 309 aa  345  5e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6123  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 309 aa  345  5e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.406924  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2525  LysR family regulatory protein  53.64 
 
 		 508 aa  345  7e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.149922  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  52.61 
 
 		 310 aa  344  1e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 310 aa  344  1e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  52.98 
 
 		 309 aa  343  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  48.16 
 
 		 312 aa  308  9e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1164  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 307 aa  307  1.0000000000000001e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0213908  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  48.66 
 
 		 326 aa  299  4e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3883  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 		 326 aa  298  8e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2419  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 342 aa  291  8e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 313 aa  285  9e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2032  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 315 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412764  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 325 aa  280  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1416  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 315 aa  278  7e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0715  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 315 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.829765  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0034  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.9 
 
 		 315 aa  275  8e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3150  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 315 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0882  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 315 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.493693  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3205  LysR family regulatory protein  46.64 
 
 		 315 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3189  transcriptional regulator  46.64 
 
 		 315 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1894  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 315 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.534737  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2716  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 315 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0790  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 313 aa  271  7e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  43.67 
 
 		 327 aa  271  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 310 aa  263  4e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0732  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 315 aa  263  4e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.635056  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0836  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 314 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0352  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 314 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139438  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3459  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 325 aa  260  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151094 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3928  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 315 aa  260  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.250342  normal  0.0702681 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0808  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 315 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2548  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 315 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.591994 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0800  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 326 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.914712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5286  transcriptional regulator LysR family  43.38 
 
 		 333 aa  235  9e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.155705  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2041  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 391 aa  230  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000497451  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3943  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 388 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.399731  normal  0.68595 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3496  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 394 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000514249 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3437  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 390 aa  222  6e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0826083  normal  0.0701512 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4338  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 394 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4028  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 394 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4558  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 386 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.82117 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 319 aa  165  9e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33.44 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 319 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  158  9e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.31 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 316 aa  156  6e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 307 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  30.55 
 
 		 316 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 318 aa  152  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 307 aa  151  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 305 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.97 
 
 		 300 aa  149  9e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 308 aa  149  9e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 322 aa  149  9e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.62 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 309 aa  145  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 317 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 312 aa  145  7.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 297 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 333 aa  143  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  31.25 
 
 		 321 aa  142  6e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2441  hypothetical protein  31.02 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>