More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5286 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5286  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 333 aa  677    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.155705  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 394 aa  261  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 316 aa  256  4e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  44.37 
 
 		 316 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  43.38 
 
 		 315 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  43.38 
 
 		 315 aa  248  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1314  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 309 aa  237  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0202314 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 309 aa  237  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1979  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 309 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0276851 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1955  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 309 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6123  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 309 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.406924  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 309 aa  236  6e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 309 aa  235  8e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 309 aa  235  8e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  39.68 
 
 		 310 aa  235  9e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 310 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2525  LysR family regulatory protein  40.2 
 
 		 508 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.149922  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2074  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 507 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.834558  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1164  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0213908  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 312 aa  220  3e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 313 aa  219  5e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0790  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 325 aa  216  4e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0034  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.14 
 
 		 315 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  37.62 
 
 		 327 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2419  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 342 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 326 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3883  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 326 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3459  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 325 aa  187  3e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151094 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2032  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 315 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412764  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0800  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 326 aa  178  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.914712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1416  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0715  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 315 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.829765  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2041  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 391 aa  169  8e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000497451  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3150  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0882  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.493693  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3205  LysR family regulatory protein  36.63 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2716  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3189  transcriptional regulator  36.63 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1894  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.534737  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3943  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 388 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.399731  normal  0.68595 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3437  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 390 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0826083  normal  0.0701512 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3496  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 394 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000514249 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4028  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 394 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4338  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 394 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0836  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0352  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139438  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0732  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 315 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.635056  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0808  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3928  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 315 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.250342  normal  0.0702681 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2548  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 315 aa  150  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.591994 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  33.23 
 
 		 309 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 323 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 318 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.45 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  31.46 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  31.46 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  30.57 
 
 		 327 aa  137  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 308 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  30.21 
 
 		 304 aa  136  6.0000000000000005e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 330 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 316 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  27.62 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 308 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 323 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 305 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 319 aa  132  6e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 305 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 301 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 306 aa  132  9e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 432 aa  132  9e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 310 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  28.57 
 
 		 322 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 322 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  30.72 
 
 		 326 aa  130  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 320 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 345 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 306 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>