More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3495 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  100 
 
 		 322 aa  671    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  76.56 
 
 		 327 aa  518  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  74.53 
 
 		 323 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  74.05 
 
 		 320 aa  500  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  74.52 
 
 		 323 aa  497  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  74.84 
 
 		 323 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  73.35 
 
 		 330 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  74.84 
 
 		 323 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  74.53 
 
 		 323 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  70.81 
 
 		 322 aa  486  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  71.84 
 
 		 318 aa  486  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  74.29 
 
 		 319 aa  478  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  73.97 
 
 		 319 aa  476  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  73.65 
 
 		 321 aa  473  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  73.65 
 
 		 319 aa  472  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  68.35 
 
 		 326 aa  442  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  64.89 
 
 		 285 aa  403  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 327 aa  291  1e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  44.34 
 
 		 323 aa  269  5.9999999999999995e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  44.05 
 
 		 321 aa  266  4e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 313 aa  266  5e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 313 aa  258  7e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  42.22 
 
 		 313 aa  255  6e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 313 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 306 aa  241  9e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  39.87 
 
 		 311 aa  240  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 311 aa  239  5e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 311 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 314 aa  237  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 310 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 321 aa  195  8.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  45.91 
 
 		 243 aa  186  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  32.26 
 
 		 309 aa  180  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  34.47 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  33.87 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  32.92 
 
 		 316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 306 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 306 aa  159  4e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 342 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  33.23 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 308 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 298 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.87 
 
 		 300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 311 aa  155  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 		 298 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 299 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  28.17 
 
 		 310 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 312 aa  153  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 315 aa  153  4e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.11 
 
 		 321 aa  153  5e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.11 
 
 		 321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 310 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 314 aa  152  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  27.91 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.17 
 
 		 309 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 323 aa  150  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 314 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 295 aa  149  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 323 aa  149  6e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  29.81 
 
 		 321 aa  149  7e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  31.99 
 
 		 314 aa  149  7e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  30.75 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 432 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  29.94 
 
 		 314 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  29.94 
 
 		 314 aa  146  5e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 310 aa  146  6e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 314 aa  144  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.49 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003578  LysR-family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 315 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  32.2 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>