More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2409 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  628  1e-179  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  95.1 
 
 		 306 aa  600  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  94.44 
 
 		 306 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  94.44 
 
 		 306 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  94.77 
 
 		 306 aa  596  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  82.35 
 
 		 306 aa  533  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  75.16 
 
 		 315 aa  494  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  75.83 
 
 		 312 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  74.51 
 
 		 311 aa  480  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  56.29 
 
 		 378 aa  356  1.9999999999999998e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003578  LysR-family transcriptional regulator  54.97 
 
 		 315 aa  346  3e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0405  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 324 aa  343  2e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00196923  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1081  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  53.16 
 
 		 302 aa  337  1.9999999999999998e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 330 aa  172  9e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 318 aa  170  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 320 aa  169  4e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 322 aa  163  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 313 aa  161  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 321 aa  159  4e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 323 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  32.9 
 
 		 322 aa  159  4e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 323 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 319 aa  159  5e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  29.74 
 
 		 323 aa  159  6e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 323 aa  159  6e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 319 aa  158  9e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  33.65 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.36 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  30.99 
 
 		 327 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 313 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 313 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  30.94 
 
 		 285 aa  139  4.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 313 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 313 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 313 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  29.8 
 
 		 311 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  31.6 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  31.86 
 
 		 304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  26.82 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 335 aa  123  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 310 aa  122  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 310 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  28.29 
 
 		 319 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  27.96 
 
 		 316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 315 aa  119  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 303 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  27.96 
 
 		 319 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  26.38 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0997  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.940452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 314 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  25.74 
 
 		 309 aa  115  6e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 295 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 353 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 312 aa  115  8.999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  28.72 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  24.26 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  25.74 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2413  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812709 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  25.74 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1164  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 307 aa  113  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0213908  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 307 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 310 aa  113  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  26.3 
 
 		 321 aa  112  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 311 aa  112  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 301 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  26.44 
 
 		 310 aa  112  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 308 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  26.17 
 
 		 301 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>