More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3734 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  637    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  99.68 
 
 		 311 aa  637    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  98.71 
 
 		 311 aa  630  1e-179  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  91.91 
 
 		 313 aa  588  1e-167  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  91.91 
 
 		 313 aa  587  1e-167  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  92.23 
 
 		 313 aa  589  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  90.91 
 
 		 313 aa  580  1.0000000000000001e-165  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  91.26 
 
 		 313 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  96.85 
 
 		 243 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  65.37 
 
 		 310 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  65.57 
 
 		 335 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  62.09 
 
 		 306 aa  395  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  62.42 
 
 		 314 aa  397  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  42.04 
 
 		 320 aa  257  2e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 323 aa  252  6e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  44.08 
 
 		 323 aa  251  1e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 323 aa  251  1e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 322 aa  251  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 327 aa  248  9e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 319 aa  247  2e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 318 aa  246  2e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 319 aa  246  2e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 319 aa  246  3e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 313 aa  246  4e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  43.69 
 
 		 323 aa  245  6e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 323 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 323 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 330 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  40.13 
 
 		 327 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  43.36 
 
 		 321 aa  241  1e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 321 aa  240  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  39.87 
 
 		 322 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  41.4 
 
 		 326 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  36.75 
 
 		 285 aa  194  1e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 321 aa  177  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  30.57 
 
 		 309 aa  162  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06876  transcriptional regulator  46.25 
 
 		 160 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 323 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 332 aa  153  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 319 aa  152  5e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.86 
 
 		 319 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.67 
 
 		 319 aa  151  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  32.67 
 
 		 319 aa  151  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.67 
 
 		 319 aa  151  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.67 
 
 		 319 aa  151  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.67 
 
 		 319 aa  151  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.67 
 
 		 319 aa  151  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  31.82 
 
 		 317 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.5 
 
 		 321 aa  149  6e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.81 
 
 		 321 aa  149  6e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.34 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33 
 
 		 319 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33 
 
 		 319 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33 
 
 		 319 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33 
 
 		 319 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  31.79 
 
 		 341 aa  147  3e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  32.57 
 
 		 314 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.66 
 
 		 319 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33.22 
 
 		 319 aa  144  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 306 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 305 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 304 aa  142  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 306 aa  142  9e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 315 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 317 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 317 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  31.74 
 
 		 322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 336 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  29.94 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.71 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  33.75 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 316 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  30.79 
 
 		 306 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  29.65 
 
 		 326 aa  139  7.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>