More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06876 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06876  transcriptional regulator  100 
 
 		 160 aa  334  2.9999999999999997e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 306 aa  179  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  49.04 
 
 		 335 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  49.07 
 
 		 313 aa  164  4e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  49.07 
 
 		 313 aa  164  4e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  49.07 
 
 		 313 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 311 aa  163  9e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 311 aa  161  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  49.07 
 
 		 313 aa  161  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 313 aa  161  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  46.25 
 
 		 311 aa  159  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  47.68 
 
 		 310 aa  159  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 314 aa  155  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.17 
 
 		 321 aa  112  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 327 aa  110  8.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  32.21 
 
 		 326 aa  99.8  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 313 aa  97.4  7e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  36.88 
 
 		 323 aa  93.2  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  50.65 
 
 		 243 aa  91.7  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  31.13 
 
 		 285 aa  90.9  6e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  31.13 
 
 		 322 aa  90.5  9e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 320 aa  89.4  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 330 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 323 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  27.63 
 
 		 327 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 318 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 322 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 323 aa  81.3  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.77 
 
 		 314 aa  79  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 321 aa  79  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  32.9 
 
 		 323 aa  79  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 323 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06633  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.61 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 323 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  31.06 
 
 		 322 aa  74.7  0.0000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 319 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.87 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  29.09 
 
 		 321 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.87 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  31.87 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.87 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.87 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.87 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.5 
 
 		 319 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 314 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 319 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 319 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6204  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 326 aa  71.6  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 319 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.25 
 
 		 319 aa  71.2  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  26.95 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  29.09 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.01 
 
 		 310 aa  69.3  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  27.86 
 
 		 306 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 323 aa  68.9  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 310 aa  68.2  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  24.16 
 
 		 309 aa  67.8  0.00000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4146  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  29.88 
 
 		 289 aa  67.8  0.00000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.690758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 305 aa  67.8  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 314 aa  67.4  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 315 aa  67.4  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 295 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  27.78 
 
 		 319 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 321 aa  66.6  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 318 aa  67  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  27.78 
 
 		 319 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  27.78 
 
 		 319 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  27.78 
 
 		 319 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  27.86 
 
 		 297 aa  65.9  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  31.88 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 308 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 336 aa  65.5  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 322 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 311 aa  65.1  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 304 aa  64.7  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 313 aa  64.7  0.0000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 315 aa  64.3  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  27.16 
 
 		 319 aa  64.3  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  25.9 
 
 		 314 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  25.35 
 
 		 306 aa  62.4  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 300 aa  62.8  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  27.46 
 
 		 304 aa  62.4  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 308 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 307 aa  62  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 298 aa  62  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 312 aa  62  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.87 
 
 		 309 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  25.48 
 
 		 307 aa  61.6  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  23.19 
 
 		 312 aa  61.6  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  27.14 
 
 		 304 aa  61.2  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 301 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 311 aa  60.8  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  26.75 
 
 		 300 aa  60.8  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  24.43 
 
 		 304 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>