More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0544 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  100 
 
 		 285 aa  588  1e-167  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  68.66 
 
 		 330 aa  420  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  67.49 
 
 		 320 aa  421  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  67.84 
 
 		 322 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 318 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  67.26 
 
 		 323 aa  401  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  64.89 
 
 		 322 aa  403  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  67.86 
 
 		 323 aa  403  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  64.66 
 
 		 327 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  67.97 
 
 		 323 aa  387  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  67.62 
 
 		 323 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  67.26 
 
 		 323 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  65.85 
 
 		 319 aa  378  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  65.85 
 
 		 319 aa  379  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  65.85 
 
 		 319 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  61.84 
 
 		 326 aa  377  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 321 aa  374  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  42.91 
 
 		 321 aa  246  3e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 327 aa  241  7.999999999999999e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  43.84 
 
 		 323 aa  239  4e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 313 aa  227  1e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 306 aa  208  7e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 335 aa  206  4e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 313 aa  205  9e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  37.81 
 
 		 313 aa  202  7e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 313 aa  202  7e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 313 aa  201  8e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  36.75 
 
 		 311 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 314 aa  192  5e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 321 aa  166  4e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  32.25 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  28.28 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 319 aa  142  7e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.63 
 
 		 319 aa  142  8e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.63 
 
 		 319 aa  142  8e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.63 
 
 		 319 aa  142  8e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.63 
 
 		 319 aa  142  8e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  32.63 
 
 		 319 aa  142  8e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.63 
 
 		 319 aa  142  8e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.28 
 
 		 319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 306 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.75 
 
 		 319 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.22 
 
 		 319 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.22 
 
 		 319 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.22 
 
 		 319 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.22 
 
 		 319 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 306 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.87 
 
 		 319 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 243 aa  132  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4146  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.65 
 
 		 289 aa  132  6.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.690758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 315 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.78 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 295 aa  126  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  31.38 
 
 		 322 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 321 aa  125  6e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 314 aa  125  9e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  28.52 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.53 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  28.52 
 
 		 314 aa  122  9e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.36 
 
 		 321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1081  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 342 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 314 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 		 305 aa  119  7e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003578  LysR-family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  28.18 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 311 aa  116  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 308 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>