More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4078 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  99.06 
 
 		 319 aa  648    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  98.12 
 
 		 319 aa  643    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  99.06 
 
 		 319 aa  648    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  99.06 
 
 		 319 aa  648    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  98.12 
 
 		 319 aa  643    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  99.06 
 
 		 319 aa  648    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  99.06 
 
 		 319 aa  648    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  100 
 
 		 319 aa  655    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  99.06 
 
 		 319 aa  648    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  86.31 
 
 		 319 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  86.31 
 
 		 319 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  86.31 
 
 		 319 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  86.31 
 
 		 319 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  85.99 
 
 		 319 aa  533  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4146  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  72.03 
 
 		 289 aa  444  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.690758  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  61.25 
 
 		 321 aa  402  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  61.71 
 
 		 321 aa  403  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  60 
 
 		 322 aa  387  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06633  transcriptional regulator  59.43 
 
 		 212 aa  276  5e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 320 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  32.69 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 322 aa  170  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 327 aa  169  4e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 323 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 318 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3261  LysR family transcriptional regulator  58.27 
 
 		 140 aa  165  8e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 311 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 330 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 313 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  33.65 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  30.91 
 
 		 322 aa  157  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  30.35 
 
 		 327 aa  155  6e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 323 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 323 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 323 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.41 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 319 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 319 aa  142  6e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  31.31 
 
 		 326 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  32.28 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 335 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 321 aa  127  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 243 aa  123  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 301 aa  119  7e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3459  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 325 aa  113  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151094 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 307 aa  113  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  27.81 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 315 aa  109  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 306 aa  109  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  27.19 
 
 		 319 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 306 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  27.19 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  27.39 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 327 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  28.12 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 324 aa  103  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 332 aa  103  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  27.49 
 
 		 347 aa  102  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 295 aa  102  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  27.22 
 
 		 321 aa  102  8e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  25.4 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 303 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 328 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>