More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0296 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 327 aa  677    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  76.56 
 
 		 322 aa  518  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  75.4 
 
 		 323 aa  498  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  73.97 
 
 		 323 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  72.41 
 
 		 320 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  73.19 
 
 		 330 aa  488  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  73.82 
 
 		 318 aa  488  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  73.04 
 
 		 322 aa  488  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  74.29 
 
 		 323 aa  484  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  74.29 
 
 		 323 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  73.97 
 
 		 323 aa  481  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  73.97 
 
 		 319 aa  481  1e-135  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  73.65 
 
 		 319 aa  479  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  73.44 
 
 		 321 aa  475  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  73.65 
 
 		 319 aa  476  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  66.25 
 
 		 326 aa  428  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  64.66 
 
 		 285 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 327 aa  303  3.0000000000000004e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  47.17 
 
 		 323 aa  293  3e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 313 aa  288  6e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  46.62 
 
 		 321 aa  279  5e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 313 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 313 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 313 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 313 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  40.13 
 
 		 311 aa  243  3e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 311 aa  243  3e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 313 aa  241  2e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 306 aa  231  9e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 314 aa  228  9e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 335 aa  223  3e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 321 aa  208  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  33.02 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 243 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  33.64 
 
 		 316 aa  168  9e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  33.55 
 
 		 314 aa  165  8e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.03 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  31.27 
 
 		 321 aa  162  6e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 314 aa  159  6e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 297 aa  159  7e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 314 aa  159  9e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 295 aa  157  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 432 aa  157  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  32.91 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 342 aa  156  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 323 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  32.92 
 
 		 323 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  31.43 
 
 		 321 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.02 
 
 		 321 aa  151  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  30.62 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  30.62 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 		 299 aa  149  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  31.48 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.31 
 
 		 321 aa  149  8e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 318 aa  146  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 314 aa  145  6e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  31.66 
 
 		 310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.23 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  33.33 
 
 		 322 aa  145  8.000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 317 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  33.23 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  28.44 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 315 aa  144  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 322 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>