More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1659 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  617  1e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  84.41 
 
 		 298 aa  495  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  84.07 
 
 		 298 aa  494  9.999999999999999e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  84.07 
 
 		 297 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  85.08 
 
 		 298 aa  477  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  75.42 
 
 		 304 aa  450  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  71.19 
 
 		 295 aa  418  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  69.05 
 
 		 304 aa  397  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  58.5 
 
 		 306 aa  309  2.9999999999999997e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  57.65 
 
 		 308 aa  299  5e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  58.04 
 
 		 309 aa  293  3e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 301 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 301 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 301 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 295 aa  279  4e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  51.75 
 
 		 323 aa  276  3e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 301 aa  272  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  49.68 
 
 		 325 aa  257  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 321 aa  256  4e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  44.55 
 
 		 319 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  49.01 
 
 		 323 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 325 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 319 aa  246  4e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 310 aa  244  9.999999999999999e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  47.74 
 
 		 319 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 339 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 353 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 339 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  45.12 
 
 		 321 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 307 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 301 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 301 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 313 aa  225  8e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 301 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  42.4 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  45.12 
 
 		 307 aa  215  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  44.85 
 
 		 313 aa  202  4e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 317 aa  201  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  45.79 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  41.05 
 
 		 328 aa  189  4e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 278 aa  187  2e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 308 aa  176  5e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  33.55 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  32.11 
 
 		 309 aa  155  6e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.49 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 322 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  36.31 
 
 		 326 aa  151  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  32.89 
 
 		 327 aa  151  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 333 aa  150  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 323 aa  149  7e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 330 aa  149  8e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  36.42 
 
 		 323 aa  149  8e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 334 aa  145  7.0000000000000006e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 308 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 301 aa  145  9e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 320 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 308 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 327 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 329 aa  142  6e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 308 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 342 aa  142  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 309 aa  142  7e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 323 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 329 aa  142  8e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 307 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  31.91 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  31.73 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  32.09 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 432 aa  139  6e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  32.66 
 
 		 341 aa  139  6e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 314 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 311 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 304 aa  138  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  33.02 
 
 		 323 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 314 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 317 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 319 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 319 aa  135  9e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 322 aa  135  9e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  32.09 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>