More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4218 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  563  1e-160  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  50.53 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 313 aa  205  8e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 295 aa  205  8e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  45.26 
 
 		 297 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  44.21 
 
 		 298 aa  192  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 306 aa  192  8e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  43.17 
 
 		 308 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  46.88 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 319 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 309 aa  170  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  41.01 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  39.2 
 
 		 319 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 321 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 325 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  37.77 
 
 		 323 aa  155  8e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 339 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 339 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 323 aa  152  8e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  36.98 
 
 		 323 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 319 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 301 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 295 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  39.29 
 
 		 307 aa  147  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  36.93 
 
 		 321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  32.78 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.15 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 342 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 301 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 353 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 317 aa  144  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 302 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 278 aa  142  7e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  28.75 
 
 		 327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 333 aa  139  7e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 329 aa  139  7e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 329 aa  139  7.999999999999999e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  31.14 
 
 		 347 aa  138  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  38.71 
 
 		 328 aa  138  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  28.08 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 304 aa  135  7.000000000000001e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 314 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 323 aa  133  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 307 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  31.33 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 308 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 310 aa  132  6e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 313 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 318 aa  132  9e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 318 aa  132  9e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  31.31 
 
 		 323 aa  132  9e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2656  transcriptional regulator  35.76 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0241  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0948  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 323 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1620  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2517  transcriptional regulator  35.76 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0156688  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 333 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 301 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 318 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  28.48 
 
 		 322 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 300 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 314 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>