More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0100 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  644    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  83.6 
 
 		 342 aa  538  9.999999999999999e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  69.97 
 
 		 326 aa  454  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  67.09 
 
 		 333 aa  428  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  67.2 
 
 		 323 aa  426  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  66.14 
 
 		 319 aa  425  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  66.88 
 
 		 323 aa  424  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  54.31 
 
 		 323 aa  328  6e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 321 aa  299  5e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  35.88 
 
 		 309 aa  202  4e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 322 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  33.22 
 
 		 347 aa  172  5.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.44 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 310 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  36.42 
 
 		 302 aa  162  6e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 301 aa  162  6e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 345 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 320 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 320 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 308 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 308 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.44 
 
 		 300 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 318 aa  159  4e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 298 aa  159  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 301 aa  159  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 301 aa  158  9e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 331 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.55 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  33.12 
 
 		 321 aa  156  6e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  33.54 
 
 		 309 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 323 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  32.91 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 332 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 319 aa  153  4e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 314 aa  152  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0519  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 329 aa  152  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  33.97 
 
 		 300 aa  152  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 332 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 312 aa  150  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 432 aa  150  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 315 aa  149  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 309 aa  149  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0241  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 		 314 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1620  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2656  transcriptional regulator  35.67 
 
 		 308 aa  148  9e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0948  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 308 aa  148  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2517  transcriptional regulator  35.67 
 
 		 308 aa  148  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0156688  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1424  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 439 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 314 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 323 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 307 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2248  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 316 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 323 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 323 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  31.17 
 
 		 317 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  33.23 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 326 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 317 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>