More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3947 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  639    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  61.11 
 
 		 323 aa  369  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  58.47 
 
 		 323 aa  342  5.999999999999999e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  58.47 
 
 		 323 aa  340  2e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  57.33 
 
 		 342 aa  338  7e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  57.19 
 
 		 326 aa  332  5e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  57.1 
 
 		 333 aa  328  7e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 319 aa  327  2.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 318 aa  318  1e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 322 aa  232  6e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  35.29 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.89 
 
 		 300 aa  179  8e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  35.5 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  35.49 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 301 aa  175  7e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.18 
 
 		 309 aa  175  8e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 307 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 307 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 307 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 307 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 307 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  31.29 
 
 		 347 aa  172  5e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 307 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 307 aa  169  8e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 332 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 314 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  33.98 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 309 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 314 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 308 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 317 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 314 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 333 aa  162  8.000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 317 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 345 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 432 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  38.34 
 
 		 321 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.3 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  30.65 
 
 		 317 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 300 aa  159  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.46 
 
 		 300 aa  159  8e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  35.69 
 
 		 326 aa  159  8e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  33.97 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 355 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 355 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 355 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 355 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 355 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  36.49 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 303 aa  156  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 		 316 aa  156  6e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 327 aa  155  8e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 308 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  32.57 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 320 aa  153  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 309 aa  152  5e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 312 aa  152  5.9999999999999996e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 318 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>