More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2060 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
301 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
301 aa  594  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  98.33 
 
 
300 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  97.66 
 
 
300 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  75.67 
 
 
307 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  69.9 
 
 
300 aa  431  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  66.11 
 
 
304 aa  388  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  63.46 
 
 
304 aa  390  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  66.11 
 
 
304 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  63.79 
 
 
304 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  63.12 
 
 
304 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  63.12 
 
 
304 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  63.79 
 
 
304 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  63.46 
 
 
304 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  63.79 
 
 
304 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33850  Transcriptional regulator MexT  63.41 
 
 
314 aa  342  5e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.5603  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2183  LysR family transcriptional regulator  61.32 
 
 
304 aa  333  2e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.573437  normal  0.0364497 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  55.97 
 
 
320 aa  330  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1383  LysR family transcriptional regulator  56.52 
 
 
308 aa  324  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1584  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 
324 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.275662 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2460  LysR family transcriptional regulator  55.81 
 
 
324 aa  306  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2074  LysR family transcriptional regulator  54.52 
 
 
307 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.572241 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3265  transcriptional regulator, LysR family  52.51 
 
 
309 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3669  LysR family transcriptional regulator  54.52 
 
 
322 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.654811 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3102  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.51 
 
 
309 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0451779  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  44.26 
 
 
300 aa  251  7e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
308 aa  176  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  35.57 
 
 
304 aa  172  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
312 aa  170  3e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 
319 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  32.67 
 
 
319 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
432 aa  161  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
314 aa  161  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  36.57 
 
 
323 aa  161  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
308 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.21 
 
 
309 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  30.26 
 
 
309 aa  160  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
323 aa  160  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
308 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  35.83 
 
 
298 aa  159  5e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 
309 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
320 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
320 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
345 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
307 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 
321 aa  157  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
309 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
310 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.46 
 
 
300 aa  156  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
306 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 
319 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 
314 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 
342 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 
329 aa  154  2e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  36.72 
 
 
314 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
333 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
333 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  36.72 
 
 
314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 
329 aa  153  4e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
318 aa  152  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
306 aa  152  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  32.35 
 
 
314 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 
305 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  31.44 
 
 
310 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
312 aa  152  8e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
326 aa  152  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
301 aa  151  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.13 
 
 
299 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 
301 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 
316 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
306 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
328 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 
322 aa  150  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
306 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
334 aa  149  4e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1026  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
307 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
307 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
307 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
307 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
307 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
308 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  33.67 
 
 
304 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 
320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  33.67 
 
 
304 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
297 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 
314 aa  145  6e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>