More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_5091 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 328 aa  634    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 313 aa  253  3e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 310 aa  240  2e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 301 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 295 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  41.95 
 
 		 297 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  41.95 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 307 aa  202  6e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  39.46 
 
 		 319 aa  202  9e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 298 aa  199  7.999999999999999e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 309 aa  190  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  39.51 
 
 		 321 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  40.53 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  44.29 
 
 		 313 aa  186  3e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 325 aa  186  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 325 aa  186  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 323 aa  185  8e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  40.48 
 
 		 307 aa  182  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 323 aa  179  8e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 339 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 339 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 295 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 319 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 301 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 301 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 278 aa  169  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 308 aa  169  5e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 353 aa  169  9e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  40.92 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 319 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 297 aa  142  8e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  35.22 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 298 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 307 aa  140  3.9999999999999997e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  34.08 
 
 		 323 aa  136  4e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 298 aa  135  9e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  34.9 
 
 		 321 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.42 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  133  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.29 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2248  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 316 aa  133  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 300 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 300 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.47 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 305 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 305 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 297 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 326 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 342 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  29.45 
 
 		 327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 319 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 314 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>