More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3905 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 327 aa  664    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  74.92 
 
 		 313 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  70.07 
 
 		 310 aa  436  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3459  LysR family transcriptional regulator  58.49 
 
 		 325 aa  386  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151094 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0800  LysR family transcriptional regulator  58.15 
 
 		 326 aa  365  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.914712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 394 aa  280  3e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  44 
 
 		 316 aa  271  8.000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  43.67 
 
 		 315 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 309 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 309 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  43.67 
 
 		 315 aa  270  2e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 309 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 309 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 316 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 310 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 309 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 309 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1314  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 309 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0202314 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1955  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 309 aa  270  4e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1979  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 309 aa  270  4e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0276851 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 310 aa  269  4e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6123  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 309 aa  270  4e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.406924  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2074  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 507 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.834558  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2525  LysR family regulatory protein  43.19 
 
 		 508 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.149922  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 312 aa  246  3e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1164  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 307 aa  246  4.9999999999999997e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0213908  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  40.97 
 
 		 325 aa  242  7.999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0790  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  39.26 
 
 		 326 aa  232  6e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3883  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 326 aa  229  5e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2032  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 315 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412764  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2419  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 342 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0034  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.42 
 
 		 315 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2716  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 315 aa  209  6e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3205  LysR family regulatory protein  40.33 
 
 		 315 aa  209  6e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0882  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 315 aa  209  6e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.493693  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1894  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 315 aa  209  6e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.534737  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3189  transcriptional regulator  40.33 
 
 		 315 aa  209  6e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3150  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 315 aa  209  6e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1416  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0715  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 315 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.829765  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2041  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 391 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000497451  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3943  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 388 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.399731  normal  0.68595 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3496  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 394 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000514249 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3437  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 390 aa  193  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0826083  normal  0.0701512 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5286  transcriptional regulator LysR family  37.62 
 
 		 333 aa  192  7e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.155705  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4338  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 394 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4028  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 394 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0808  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 315 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3928  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 315 aa  186  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.250342  normal  0.0702681 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0732  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.635056  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0836  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0352  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139438  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2548  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 315 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.591994 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 322 aa  156  4e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4558  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 386 aa  156  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.82117 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.44 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.42 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  32.77 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  31.82 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 329 aa  146  5e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 317 aa  146  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 331 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 312 aa  145  7.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 345 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 320 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 320 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 333 aa  143  5e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 311 aa  143  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 314 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  33.44 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  34.54 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31 
 
 		 309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  34.54 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 329 aa  140  3e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  29.97 
 
 		 314 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 312 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>