More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0636 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  623  1e-177  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  48.37 
 
 		 326 aa  300  2e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00136  transcriptional regulator, LysR family protein  44.22 
 
 		 311 aa  255  5e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.262446  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 313 aa  215  5.9999999999999996e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 315 aa  215  8e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.66 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 309 aa  209  5e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 314 aa  206  5e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 308 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  38.19 
 
 		 303 aa  205  9e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 314 aa  203  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 314 aa  202  8e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  38.28 
 
 		 310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  37.37 
 
 		 306 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 310 aa  195  9e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  37.59 
 
 		 321 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  34.38 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 303 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 307 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  30.77 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0519  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0241  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 308 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1620  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 308 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 304 aa  159  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0948  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 308 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2517  transcriptional regulator  33.8 
 
 		 308 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0156688  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2656  transcriptional regulator  33.8 
 
 		 308 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.43 
 
 		 300 aa  158  9e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2296  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 309 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.671395 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1424  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 439 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3690  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.996067 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  32.32 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5526  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 432 aa  152  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  31.99 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 317 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 331 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3724  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.153047 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3800  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4563  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 306 aa  144  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 318 aa  143  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 320 aa  142  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.87 
 
 		 300 aa  142  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 332 aa  142  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 317 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  27.42 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  31.39 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 306 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 306 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 314 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  29.73 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2908  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 311 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 314 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0885  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 326 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 319 aa  133  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 321 aa  132  6e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 318 aa  132  6e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  31.91 
 
 		 301 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 		 333 aa  130  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 315 aa  129  7.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 309 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  27.03 
 
 		 321 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  30.49 
 
 		 323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  30.17 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  26.64 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>