More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00136 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00136  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 311 aa  635    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.262446  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  42.86 
 
 		 326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 302 aa  241  2e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  38.62 
 
 		 306 aa  192  5e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 314 aa  185  9e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  36.05 
 
 		 321 aa  179  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  31.31 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 307 aa  162  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 308 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 309 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 310 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  32.77 
 
 		 310 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.43 
 
 		 309 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  33.22 
 
 		 303 aa  159  6e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  30.38 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 311 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 320 aa  152  8e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.87 
 
 		 300 aa  149  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 305 aa  149  9e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  31.54 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  145  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 329 aa  144  1e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 301 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 329 aa  143  4e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.92 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 315 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 316 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 309 aa  135  8e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 318 aa  135  8e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 304 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  28.81 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 305 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 305 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 323 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 323 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2656  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0948  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2517  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0156688  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 333 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0241  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1620  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0519  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 329 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.81 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  31.12 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 342 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 304 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  29.28 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  26.58 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  26.58 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  30.96 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 319 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 432 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 310 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 311 aa  125  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1383  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 308 aa  125  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  29.37 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 301 aa  125  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 355 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>