More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4041 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  631  1e-180  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  98.41 
 
 		 314 aa  624  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  91.72 
 
 		 332 aa  580  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  90.37 
 
 		 314 aa  554  1e-157  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  83.65 
 
 		 317 aa  521  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  62.46 
 
 		 309 aa  394  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  52.33 
 
 		 301 aa  349  3e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  55 
 
 		 304 aa  349  4e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  53.51 
 
 		 300 aa  335  5.999999999999999e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 432 aa  332  4e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  49.37 
 
 		 318 aa  325  5e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 301 aa  314  9.999999999999999e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 301 aa  311  7.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51 
 
 		 300 aa  310  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 301 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  46.51 
 
 		 305 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  46.51 
 
 		 305 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 320 aa  279  4e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  43.65 
 
 		 321 aa  263  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 308 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 307 aa  224  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  40.65 
 
 		 309 aa  221  9e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 302 aa  219  3e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 299 aa  219  7e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 308 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 307 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 307 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 308 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 308 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 308 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 308 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 327 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 308 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 306 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 306 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.12 
 
 		 309 aa  209  6e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 308 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  42.2 
 
 		 301 aa  205  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6242  LysR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 301 aa  205  8e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 308 aa  205  9e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  35.05 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 333 aa  203  3e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 316 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 317 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 306 aa  200  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 311 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  37.42 
 
 		 326 aa  199  5e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 309 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 314 aa  198  9e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 325 aa  197  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 314 aa  197  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 333 aa  197  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 318 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 306 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  36.36 
 
 		 309 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 323 aa  192  4e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 345 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 320 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 320 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 333 aa  192  9e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 323 aa  191  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  38.51 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 316 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  37.07 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 331 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 315 aa  187  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 316 aa  187  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  35.06 
 
 		 317 aa  186  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 305 aa  185  8e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 319 aa  183  3e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  36.36 
 
 		 319 aa  183  3e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 316 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 306 aa  179  8e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>