More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01658 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  100 
 
 		 308 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  41.41 
 
 		 305 aa  228  9e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  41.41 
 
 		 305 aa  228  9e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  41.86 
 
 		 321 aa  226  6e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 345 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 320 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 301 aa  215  8e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 307 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 307 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 308 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 307 aa  208  9e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 309 aa  207  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.86 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.97 
 
 		 300 aa  206  4e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 301 aa  203  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 304 aa  203  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 		 309 aa  199  6e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 308 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 432 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 308 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 318 aa  192  8e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 308 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 327 aa  185  9e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 308 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  36.72 
 
 		 325 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  37.06 
 
 		 326 aa  179  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 314 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 302 aa  175  7e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 314 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 306 aa  175  9e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 320 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 325 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 314 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 316 aa  170  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  35.69 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 316 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 331 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 		 317 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  35.95 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4733  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.7616 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.46 
 
 		 323 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  33.68 
 
 		 317 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 306 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 306 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 328 aa  156  5.0000000000000005e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0690  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.393278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 317 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 317 aa  155  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  29.19 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 298 aa  152  8e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 309 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  36.79 
 
 		 321 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1897  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0520736  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  33.33 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6242  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 321 aa  149  5e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>