More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6527 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  623  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6242  LysR family transcriptional regulator  99.34 
 
 		 301 aa  608  1e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  91.75 
 
 		 306 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  91.48 
 
 		 306 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  91.75 
 
 		 306 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  86.09 
 
 		 303 aa  520  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  85.67 
 
 		 301 aa  511  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  80.27 
 
 		 301 aa  484  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  69.86 
 
 		 299 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  69.86 
 
 		 310 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  65.25 
 
 		 318 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  64.29 
 
 		 333 aa  372  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  62.32 
 
 		 306 aa  370  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  45.02 
 
 		 299 aa  255  7e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 332 aa  221  9e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 307 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 307 aa  219  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 314 aa  219  5e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 309 aa  218  7e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 307 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  38.57 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 317 aa  206  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 320 aa  202  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  38.19 
 
 		 326 aa  202  5e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 301 aa  202  7e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 432 aa  201  9e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 325 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 308 aa  200  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 308 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 308 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 325 aa  199  6e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 333 aa  199  6e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 327 aa  194  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 308 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 301 aa  189  7e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 331 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 320 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 320 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 345 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 301 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.05 
 
 		 300 aa  185  7e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 314 aa  183  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 317 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.05 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  34.98 
 
 		 321 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.34 
 
 		 330 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 305 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 317 aa  175  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 306 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  35.23 
 
 		 308 aa  172  9e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 316 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 315 aa  169  8e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 332 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 311 aa  165  9e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 333 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 321 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  33.11 
 
 		 310 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  32.07 
 
 		 317 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>