More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2055 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 325 aa  669    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  96.62 
 
 		 325 aa  626  1e-178  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  91.05 
 
 		 326 aa  590  1e-167  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  66.99 
 
 		 307 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  64.05 
 
 		 309 aa  429  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  64.05 
 
 		 309 aa  424  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  63.73 
 
 		 308 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  63.4 
 
 		 308 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  63.61 
 
 		 308 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  63.28 
 
 		 308 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 327 aa  395  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  62.01 
 
 		 307 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  62.01 
 
 		 307 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  62.01 
 
 		 307 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  62.01 
 
 		 307 aa  394  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  62.01 
 
 		 307 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  62.01 
 
 		 308 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  62.01 
 
 		 307 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 307 aa  390  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  63.73 
 
 		 308 aa  384  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  63.07 
 
 		 308 aa  381  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  51.13 
 
 		 333 aa  331  9e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 309 aa  268  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 314 aa  251  9.000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 320 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 320 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 345 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 320 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 301 aa  220  3e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 318 aa  211  1e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 304 aa  209  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 306 aa  206  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 309 aa  203  4e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 317 aa  202  8e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 432 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 315 aa  199  3.9999999999999996e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  34.95 
 
 		 321 aa  199  6e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 305 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.12 
 
 		 300 aa  199  7.999999999999999e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 314 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 317 aa  195  9e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  36.63 
 
 		 316 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 306 aa  193  4e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 306 aa  193  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  36.72 
 
 		 308 aa  192  8e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6242  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 306 aa  189  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 306 aa  186  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 314 aa  185  9e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.83 
 
 		 330 aa  183  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 318 aa  182  6e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.87 
 
 		 300 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 314 aa  178  9e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 333 aa  177  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 317 aa  175  8e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  34.08 
 
 		 316 aa  175  9e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 316 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 331 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  37.04 
 
 		 304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  34.46 
 
 		 298 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  36.67 
 
 		 304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.76 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 311 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 303 aa  159  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  33.78 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 333 aa  156  4e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  156  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>