More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0405 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0405  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  676    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00196923  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003578  LysR-family transcriptional regulator  56.95 
 
 		 315 aa  371  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  56.62 
 
 		 378 aa  372  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1081  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  55.3 
 
 		 302 aa  363  2e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  53.77 
 
 		 311 aa  348  8e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 315 aa  342  2.9999999999999997e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 306 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  51.83 
 
 		 306 aa  341  1e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  51.83 
 
 		 312 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 306 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 306 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 306 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  52.49 
 
 		 306 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 327 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.38 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  28.8 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 323 aa  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 320 aa  132  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  28.93 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 319 aa  126  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 319 aa  125  9e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  29.51 
 
 		 326 aa  123  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 313 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 313 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 314 aa  123  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 333 aa  122  8e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 313 aa  122  9e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  29.43 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 306 aa  119  6e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  29.59 
 
 		 304 aa  119  7.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  28.85 
 
 		 327 aa  117  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  28.25 
 
 		 309 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 310 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 335 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  26.23 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 312 aa  106  5e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 314 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 310 aa  106  7e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  28.97 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  27.85 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  27.24 
 
 		 341 aa  104  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2419  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 342 aa  102  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 314 aa  102  8e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 313 aa  102  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  27.63 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  24.92 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  25.57 
 
 		 319 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4063  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.444174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  24.35 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  25.57 
 
 		 319 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2008  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0820401  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  26.26 
 
 		 314 aa  100  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 306 aa  99.8  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0352  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 314 aa  99.8  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139438  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0836  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 314 aa  99.8  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 305 aa  99  9e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  25.78 
 
 		 318 aa  98.6  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 323 aa  98.6  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 323 aa  98.6  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3883  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 326 aa  99  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 303 aa  99  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 314 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0808  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 315 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2032  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 315 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412764  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 300 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 300 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 314 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  24.54 
 
 		 285 aa  97.4  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 309 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0715  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 315 aa  97.4  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.829765  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 309 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>